公租房的管理主要 由县级以上地方人民政府住房城乡建设（住房保障）主管部门负责。这些部门不仅负责制定公共租赁住房的发展规划和年度投资计划，还负责房源的征集、申请对象的审核、公示、配租以及监督管理工作。

具体申请流程上，申请人需要向市或县级人民政府住房保障主管部门提交相关申请材料，并由该部门进行受理和审核。如果申请人符合条件，他们将被登记为公共租赁住房的轮候对象，并在轮候期内安排公共租赁住房。

此外，市、县（市、区）人民政府也承担相应职责，包括公共租赁住房的建设管理、日常监督管理以及统筹协调工作。

综上所述，公租房的管理涉及多个层级和部门的协同工作，确保公租房的分配和管理公开、公平、公正。