当报废车被盗时，车主需要采取以下步骤来处理：

向公安机关报案

报废车被盗后，车主应立即向当地公安机关报案，并提供相关证明，如车辆登记证、行驶证、购车发票等，以便公安机关能够开具车辆被盗报案证明。

到车管所报停

车主在获得公安机关的被盗证明后，应携带该证明到车辆管理所办理报停手续。报停期间，车辆违章记录与车主无关。

申请注销登记

车辆被盗并注销登记需要按照《中华人民共和国机动车登记办法》和《机动车登记规定》的相关要求，携带以下资料向车辆管理所申请注销登记：

机动车所有人的身份证明

《机动车登记证书》

机动车号牌和《机动车行驶证》

如果车辆属于海关监管车辆，还需提交《中华人民共和国海关监管车辆进（出）境领（销）牌照通知书》。

处理交通事故报废车

如果报废车在交通事故中报废，车主可以要求交通管理部门出具委托书，由物价管理部门或具有鉴定资质的部门进行车辆评估，并依据评估结果进行索赔。

法律途径

如果报废车被盗后未能找回，车主可以根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，向法院提起诉讼，要求追究盗窃者的法律责任。

通过以上步骤，车主可以依法办理报废车的注销登记，并尽可能追回被盗车辆或获得相应的经济补偿。建议车主在处理此类问题时，及时咨询专业律师或车辆管理部门，以确保自身权益得到最大程度的保护。