企业可以在计算应纳税所得额时扣除的费用主要包括：

1. 员工薪酬及福利费用：

工资、奖金、津贴、补贴等；

社会保险费、住房公积金等福利支出。

2. 生产经营相关费用：

原材料采购费、运输费、租金等；

租赁费（经营租赁和融资租赁）；

合理的劳动保护费支出。

3. 借款利息及财务费用：

银行贷款利息和其他借款利息；

借款资金必须用于生产经营。

4. 广告及宣传费用：

广告费用总额的一定比例（如15%）可以扣除；

超过部分可能需要按摊销方式逐年扣除。

5. 研发费用：

研发人员的工资、奖金、社保等相关费用；

购置原材料、耗材等费用；

设备购置或租赁费用；

支付给外部研发机构的费用；

合理分摊的水电费、房租等间接费用。

6. 税金及附加：

已缴纳的消费税、营业税、城建税、资源税、土地增值税、出口关税及教育费附加；

企业缴纳的房产税、车船税、土地使用税、印花税等。

7. 其他支出：

公益性捐赠支出（不超过年度利润总额12%的部分）；

资产损失（固定资产和流动资产的盘亏、毁损净损失）；

合理的差旅费、会议费、董事会费等；

合理的手续费及佣金支出；

违约金、罚款和诉讼费等。

需要注意的是，扣除的费用必须与取得收入有关、合理且实际发生，并且需要提供相应的发票和凭证以证明其真实性。此外，某些费用如劳动保护费、公益性捐赠等可能存在特定的扣除标准或限制。