员工处理问题主要涉及以下几个部门：

劳动监察部门

劳动监察部门负责监督检查用人单位的劳动违法行为，并有权进行处罚。

劳动者可以向劳动监察部门投诉举报，要求查处用人单位的违法行为，以维护自己的合法权益。

劳动仲裁委员会

劳动仲裁委员会是处理劳动争议的法定机构，会公正裁决并努力解决职工与公司之间的矛盾冲突。

劳动者可以在劳动纠纷发生后向劳动仲裁委员会申请仲裁，仲裁委受理后一般会先组织双方调解，调解不成，正式立案开庭处理。

劳动争议调解组织

发生劳动争议后，双方可以先进行私下协商，协商不成可以向本单位的劳动争议调解委员会提出申请，请求调解。

调解组织调解不成或者一方没有调解意愿的，争议事项如果在监察部门管辖范围内的，可向单位所在地的劳动监察大队进行投诉。

人民法院

对于劳动仲裁结果不服的，劳动者可以向人民法院提起诉讼。

劳动者还可以通过信访的方式，向各级工会、妇联以及政府信访部门反映问题。

建议

劳动监察部门：适合初步投诉和举报，处理速度较快，程序相对简单。

劳动仲裁委员会：适合需要正式裁决的劳动争议，程序较为正式和公正。

劳动争议调解组织：适合希望先通过调解解决纠纷的情况，调解不成再考虑其他途径。

人民法院：适合对仲裁结果不满的情况，通过法律途径最终解决争议。

根据具体情况选择合适的部门进行处理，可以提高问题解决的效率和效果。