公司的纳税方式主要有以下几种：

企业所得税

查账征收：企业根据会计账簿和财务报表，计算应纳税所得额，再乘以适用税率确定应交税款。

核定征收：税务机关根据企业规模、收入水平等因素，预先核定应税所得率，企业按此比率计算应纳税所得额后缴纳税款。

增值税

一般纳税人：按照增值税法规定的税率和计税方法计算纳税。

小规模纳税人：按照增值税法规定的简易计税方法计算纳税。

附加税

城市维护建设税：根据增值税、消费税的应纳税额乘以相应税率计算。

教育费附加：根据增值税、消费税的应纳税额乘以一定比例计算。

地方教育费附加：类似教育费附加，根据增值税、消费税的应纳税额乘以一定比例计算。

个人所得税

公司代扣代缴员工的个人所得税。

印花税

对公司签订的合同和书据征收。

其他税种

房产税：对企业的房产征收。

土地使用税：对企业使用的土地征收。

车船税：对企业拥有的车辆和船舶征收。

契税：公司在购买房产或土地使用权时缴纳。

耕地占用税：占用耕地建房或从事其他非农业建设时缴纳。

纳税方式

自报核缴：纳税人自行计算应纳税额，申报并经税务机关审批后，填发缴款书，由银行纳税。

查定征收：对生产不固定、账务不健全的纳税单位，税务机关查定产量和销售额，依率计征。

定期定额征收：对营业额和所得收入难以准确计算的个体工商户，税务机关核定一定时期的营业额和所得税附征率，合并征收。

代征：税务机关委托单位或个人代为征收税款。

银税一体化缴纳：税务机关与银行、国库联网，进行税款划解，简化纳税手续。

公司应根据自身业务情况和财务状况，选择合适的纳税方式和征收方法，并依法及时申报缴纳各项税款。