潮南区的主要水系，有雷岭河和练江。雷岭河发源于区境雷岭大山南麓，有支流3条，汇合于雷岭镇双溪村，经鹅地流入惠来县神泉港入南海，全长26公里，区境流程9.5公里，集雨面积61平方公里，占流域总集雨面积444平方公里的13.7.%.练江源起普宁市大南山五峰尖西南麓杨梅坪白水,自北流经流沙镇拆东至石港村38.8公里为上游，下分二支：一支东流1.5公里进入潮南区，经陈店镇溪至流仙村；另一支东北流1公里入潮阳区，经贵屿镇玉窖村、汇贵屿水转向东南于潮南陈店镇流仙村汇合东支，向东经司马浦、铜盂、峡山镇至和平大桥37.4公里为中游，出和平桥经龟山，进入龟头海至海门港注入南海18.3公里为下游。练江干流全长94.5公里。中下游流程41.3公里，一级支流12条，集雨面积838.5平方公里，占流域总集雨面积1353平方公里的62%。练江中下游河涌蓄水量0.3亿立方米，是两岸灌溉、排涝和航运的主动脉。