当驾驶员的驾驶证被扣12分时，需要按照以下步骤处理：
扣留驾驶证
公安机关交通管理部门将扣留其机动车驾驶证。
参加学习和考试
驾驶员应当在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
学习结束后，车辆管理所将在二十日内对其进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试。
考试合格
如果考试合格，记分予以清除，并发还机动车驾驶证。
如果考试不合格，驾驶员需要继续参加学习和考试，直到考试合格为止。
拒不参加学习或考试
如果驾驶员拒不参加学习，也不接受考试，公安机关交通管理部门将公告其机动车驾驶证停止使用。
特殊情况
对于持有大型客车、牵引车、城市公交车、中型客车、大型货车驾驶证的驾驶人，在一个记分周期内有记满12分记录的，车辆管理所应当注销其最高准驾车型驾驶资格，并在三十日内办理降级换证业务。
如果驾驶员在实习期内被扣12分，将注销其准驾车型的实习资格，需要重新通过所有科目考试来取得驾照。
建议
驾驶员在收到扣12分的处罚通知后，应尽快安排时间参加学习和考试，以免影响驾驶资格。
驾驶员可以通过交警部门或指定的驾驶学校进行学习，确保顺利通过考试。
在学习期间，驾驶员应认真对待，提高自己的交通安全意识和法律意识。
