乡镇卫生院院长的行政级别是 管理九级，对应于科员级别。尽管有些资料提到院长可能是股级或副科级，但这些信息并不具有普遍性或权威性。此外，也有资料指出，如果乡镇卫生院院长任期满15年，其行政级别可能达到主任科员1~2级，但这并不改变其基本的行政级别。

因此，综合以上信息，可以得出结论：乡镇卫生院院长的行政级别主要是管理九级，即科员级别。