物流公司需要缴纳的税种主要包括：

增值税

税率根据服务类型和纳税人身份（一般纳税人或小规模纳税人）不同而有所区别。

陆路、水路、航空和管道运输服务一般纳税人税率为11%，小规模纳税人税率为3%。

仓储、配送及货运代理等物流辅助服务一般纳税人税率为6%，小规模纳税人税率为3%。

企业所得税

对企业所得利润征收，税率通常为25%。

小型微利企业、国家重点扶持的高新技术企业等可能有不同的优惠税率。

个人所得税

对企业员工工资薪金等收入征收。

附加税

包括城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加。

城建税税率根据地区不同，市区一般为7%，县镇为5%，其他地区为1%。

其他税费

印花税、房产税、土地增值税、车辆购置税等。

印花税针对合同、凭证等征收。

房产税和土地增值税与企业的房产和土地价值相关。

车辆购置税针对企业购置车辆时征收。

其他可能的税费

包括车船税等。

物流公司还需注意申报如工公经费、社保、公积金、残保金等其他费用。

请注意，税率和政策可能会随时间和地区的不同而有所变化，具体情况需要根据最新的税法规定和地方政策来确定