办理养殖合作社的流程通常包括以下几个步骤：
预约登记合作社名称
到当地行政大厅工商局窗口预约合作社名称，并携带5个人的居民身份证原件。
办理防疫合格证
前往畜牧局窗口办理防疫合格证。
准备合作社资料
包括合作社章程、5人出资明细及签字、房屋产权证明、经营场所证明、5人身份证证明（需村委会盖章）。
土地和环境证明
办理土地证明，到当地土管所；
办理环境评定证明，到环保局。
户籍证明
到当地派出所获取5人的户籍证明。
提交审批材料
将以上资料提交至当地工商所，等待审批。
等待审批
从提交所有资料到审批完成，一般需要65天左右，费用大约几百元。
其他手续
包括在公安局刻章、质量技术监督局办理组织机构代码证、税务局申领税务登记证、银行开设账户等。
请注意，以上流程和所需材料可能会根据当地的具体政策和规定有所变化，建议在办理前咨询当地相关部门获取最新信息
