在运输行业中，抵扣主要涉及以下几个方面：

发票类型及抵扣规则

增值税专用发票：企业支付货物运输费用时，可以向运输服务提供方索取合规的增值税专用发票，作为进项税额进行抵扣。税率统一为7%。

增值税电子普通发票：取得此类发票的，为发票上注明的税额。

航空运输电子客票行程单：按照航空旅客运输进项税额=（票价+燃油附加费）÷（1+9%）×9%计算进项税额。

铁路车票：按照铁路旅客运输进项税额=票面金额÷（1+9%）×9%计算进项税额。

公路、水路等其他客票：按照公路、水路等其他旅客运输进项税额=票面金额÷（1+3%）×3%计算进项税额。

抵扣条件

合法凭证：货物运输费用必须取得合法有效的凭证，如增值税专用发票。

实际发生：运输费用必须是实际发生的，与企业的生产经营活动直接相关，包括运费、保险费、过路费等。

合理价格：运输费用的价格应当合理，符合市场行情和行业标准。

抵扣时限：货物运输费用的抵扣时限应符合税收法规的规定，逾期将无法享受抵扣政策。

抵扣方法

收集凭证：企业在支付运输费用后，应向运输服务提供方索取合法有效的发票，并确保发票信息准确无误。

审核凭证：企业内部应对收集到的凭证进行审核，重点关注发票的开具日期、开票单位、税率等信息。

抵扣申报：企业在进行增值税纳税申报时，应将符合条件的运输费用作为进项税额进行抵扣，并填写在可抵扣金额一栏。

税务审核：税务机关将对企业申报的抵扣项目进行审核，确保其符合相关法规和政策要求。

其他注意事项

非雇员支付：为雇员支付的国内旅客运输费用允许抵扣进项税额，为非雇员支付的则不能抵扣。

发票真实性：企业应确保取得的发票真实有效，避免使用假发票或无效凭证进行抵扣。

抵扣期限：除增值税专用发票外，其他国内旅客运输服务凭证未设定抵扣期限。

通过以上步骤和注意事项，运输企业可以合规地进行进项税额的抵扣，从而降低税负。建议企业建立完善的抵扣管理制度，确保抵扣活动的合规性和准确性。