更换汽车发动机需要遵循一定的流程和手续，以下是处理步骤的概述：

准备材料

车主身份证原件和复印件；

行驶证原件；

登记证书原件；

发动机合格证或维修发票（如果是更换）；

新发动机的合格证；

若发动机未安装，可能需要车辆管理所出具的委托书。

车辆检验

如果发动机已经安装，需要开车至车管所进行上线检验，并取得带有新发动机号的检测报告单；

如果发动机还未安装，可先至车管所核对发动机型号后取得委托书，以便在安装后打刻原发动机号。

办理变更登记

携带上述材料前往车管所，填写机动车变更登记备案申请表；

提交审核资料，并缴纳相关费用；

车管所确认无误后，会重新核发行驶证，并在机动车登记证书上签注变更事项。

法律合规

确保所有操作符合《中华人民共和国道路交通安全法》等相关法律法规；

遵守《机动车登记规定》中关于变更发动机的相关条款。

旧发动机处理

如果旧发动机还能使用，可以选择出售或捐赠；

如果无法修复或使用，应将其送至专业的废弃物处理机构进行无害化处理。

后续事项

保留好所有更换发动机的凭证和文件，以备日后查验；

办理好相关手续后，确保车辆合法上路。

请根据具体情况，按照当地车辆管理部门的要求进行操作。需要注意的是，私自更换发动机可能违反交通法规，并可能受到相应的法律处罚。