物流公司需要缴纳的税种包括：

增值税

陆路（含铁路）运输、水路运输、航空运输和管道运输服务的增值税税率为11%（一般纳税人），3%（小规模纳税人）。

仓储、配送及货运代理等物流辅助服务的增值税税率为6%（一般纳税人），3%（小规模纳税人）。

营业税 （已改为增值税）：

提供运输劳务取得的收入按“交通运输业”科目征收，税率为3%。

提供货代、仓储、包装、物流加工、租赁等业务按“服务业”税目征税，税率为5%。

城市维护建设税

税率根据地区不同分别为7%、5%和1%。

教育费附加和 地方教育费附加

教育费附加税率为3%。

地方教育费附加税率为2%。

个人所得税

公司员工的个人所得税由公司代扣代缴。

印花税

根据印花税条例所列举的应税凭证进行缴纳，一般万分之五。

房产税

自有房产和土地用于经营的，应缴纳房产税。

城镇土地使用税

根据实际占用的土地面积缴纳，各地规定不一。

车船使用税

拥有和使用车船的，应缴纳车船使用税。

企业所得税

基本税率为25%。

小型微利企业（年应税收入30万以下）减按20%。

国家重点扶持的高新技术企业减按15%。

其他税种

包括契税、土地增值税等，具体根据公司经营行为和相关政策缴纳。

建议：