企业自主出口需要办理的手续包括：

办理营业执照：

这是开展出口业务的基础，企业需先取得合法经营的资格。

办理组织机构代码：

企业需到技术监督部门办理组织机构代码，以便进行身份识别和合规性管理。

办理对外贸易经营资格备案手续：

企业需到商务部门办理对外贸易经营资格备案手续，获得出口资质。

办理海关备案手续：

企业需到海关办理备案手续，包括《进出口货物收发货人报关注册登记证书》等。

办理检验检疫备案手续：

企业需到进出口检验检疫局办理自理报检单位备案登记证明书，确保产品符合出口要求。

办理外汇管理部门手续并开设外汇账户：

企业需到外汇管理部门办理手续并开设外汇账户，以便进行外汇交易和结算。

办理出口退税登记手续：

企业需到税务部门办理出口退税登记手续，以便享受出口退税政策。

办理中国电子口岸IC卡：

企业需办理中国电子口岸IC卡，以便进行电子口岸入网和相关的报关手续。

准备报关单据：

出口货物必须向海关申报，企业需准备一系列报关单据，包括合同、发票、装箱单、提单等。

验核手续：

企业需完成相关验核手续，确保所有手续和文件符合法律法规要求。

办理电子口岸入网授权业务：

企业需办理电子口岸入网授权业务，以便通过电子口岸平台进行报关和结算。

建议企业按照上述步骤逐一办理手续，确保所有环节符合法律法规要求，以便顺利完成出口业务。