增值税发票的抵扣流程通常包括以下几个步骤：

认证发票

将税控盘插入电脑，登录到增值税综合服务平台。

选择需要认证的月份，输入发票的开票日期进行查询。

勾选收到的纸质需要认证的发票，点击确定并提交，完成发票的勾选认证。

填写申报表

完成发票认证后，进入电子税务局填写增值税申报表。

在申报表中，将认证通过的进项税额填入相应的栏目中。

提交申报

提交申报表，完成增值税的申报抵扣。

请注意，增值税抵扣需要满足以下条件：

公司必须是增值税一般纳税人，小规模纳税人不能抵扣。

增值税进项税的抵扣必须符合税法相关规定。

普通发票不能抵扣。

增值税专用发票抵扣仅适用于增值税一般纳税人。

认证后的进项发票应在90天内完成抵扣。

以上步骤和条件根据最新的税法规定和操作流程可能会有所变动，请以当地税务局的最新规定为准。