可以抵扣的工程发票主要包括以下几类：
增值税专用发票
增值税一般纳税人向一般纳税人建设单位开具的增值税专用发票，建设单位可以抵扣增值税进项税额。
海关进口增值税专用缴款书
从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额准予抵扣。
农产品收购发票或销售发票
购进农产品时，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额，国务院另有规定的除外。
完税凭证
自境外单位或者个人购进劳务、服务、无形资产或者境内的不动产，从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的增值税额准予抵扣。
通行费发票
增值税一般纳税人支付的道路、桥、闸通行费，暂凭取得的通行费发票上注明的收费金额，按照规定的公式计算可抵扣的进项税额。
国内旅客运输服务增值税电子普通发票
国内旅客运输服务的增值税电子普通发票也可以用于增值税进项税额的抵扣。
其他相关发票
包括研发劳务、研发设备、材料的进项税，以及临时设施等项目的进项税。
建议
企业在进行工程发票抵扣时，应确保发票类型符合相关税法规定，并严格按照规定程序和计算方法进行抵扣，以确保合规性和最大化税收优惠。同时，企业应妥善保管相关发票和文件，以备税务审计之需。
